Šiaulėnų miestelio ir jo apylinkių  švietimo istorija prasideda 1805 metais, kai prie bažnyčios buvo įsteigta parapinė pradinė mokykla. Tai buvo pirmoji šiuo metu  žinoma  mokykla  Šiaulėnuose, dabartinės mokyklos  pirmtakė. Yra  žinoma,  kad 1847 m. šioje mokykloje mokėsi 11 mokinių. Juos mokė kunigas. 1853 m. – mokėsi jau apie 50 vaikų. Mokoma buvo lietuvių kalba.

        Valstybinė pradinė mokykla (Narodnoje volostnoje učilišče) miestelyje įsteigta 1865 metais. Joje buvo dėstoma rusų kalba. Mokytojais galėjo būti tik rusai. Tais pačiais metais prie Šušvės buvo pastatytas vieno aukšto medinis pastatas. Tai buvo pirmasis specialiai mokyklai skirtas pastatas. Mokinių skaičius buvo nedidelis. 1883-1884 metais šioje mokykloje mokėsi ir būsimasis kultūros, švietimo veikėjas, rašytojas Marcelinas Šikšnys, kurio vardu vadinasi dabartinė mokykla.

        Pradinė mokykla Šiaulėnuose buvo iki pat 1944 metų. Iki 1936 metų tai buvo žemesnio laipsnio 4 metų pradinė mokykla. Joje buvo keturi skyriai. Nuo 1936 metų mokykloje jau buvo šeši skyriai. Tais metais baigtas įrengti ir naujas medinis mokyklos pastatas, kuris mokymo reikmėms naudojamas dar ir dabar. Mokykloje mokėsi nemažai mokinių. Pavyzdžiui, 1933 m. – 195, 1940 m. – 222.

        1944 metais mokykla buvo perorganizuota į progimnaziją, 1949-1950 mokslo metais buvo septynmetė, o nuo 1951 metų – vidurinė. Gerėjo mokyklos materialinė bazė, 1966 metais pastatytas pirmasis mokyklos priestatas, 1976 metais – antrasis priestatas su sporto sale. 1980 metais prie mokyklos pastatytas 120 vietų bendrabutis. Per 63 vidurinės mokyklos gyvavimo metų dirbo šie direktoriai:

• Pranas Kašuba, 1951 – 1952 m.
• Valerija Stankevičiūte, 1952 -1953 m.
• Aleksas Algimantas Jonaitis, 1953 – 1955 m.
• Juozas Bikauskas, 1955 – 1956 m.
• Vytautas Grigaravičius, 1956 -1970 m.
• Pranciškus Ragauskas, 1970-1978 m.
• Vytautas Markulis, 1978 -1986 m.
• Vytautas Jarašiūnas, nuo 1986 m. iki šiol.

        Net 46 metus šioje mokykloje mokytojavo Aleksas Algimantas Jonaitis. Jis pedagoginį darbą pradėjo baigęs Šiaulių J. Janonio gimnaziją, turėdamas tik 17 metų. A. Jonaitis dėstė rusų kalbą ir kūno kultūrą. Ypač mokyklą garsino kaip kūno kultūros mokytojas. Jis buvo tikras savo dėstomo dalyko patriotas. 1983 metais jam pirmajam mokykloje suteiktas vyr. mokytojo vardas. Tuo metu tai buvo labai aukštas darbo įvertinimas. Pedagogas tikrai daug nuveikė turtinant mokyklos sportinę bazę, įrengiant ir apiforminant mokyklos sporto salę, rekonstruojant mokyklos stadioną, aikštynus. Su savo mokiniais aktyviai dalyvavo visose rengiamose varžybose.

        Daugelis šiaulėniškių ir po visą Lietuvą išsibarsčiusių mokyklos auklėtinių lenkia galvą prieš ilgiausiai šioje mokykloje dirbusius mokytojus: Aldoną Jonaitienę, išdirbusią mokykloje 42 metus, Stasę Ščeponavičienę, Juozą Kygą,  Stasį Petrauską, Emiliją Černiauskienę, Oną Bagdonienę, Emiliją Kavaliauskienę, Genovaitę Rubštavičienę, Marijoną Ragauskienę.

        Pirmuosius 30 vidurinės mokyklos gyvavimo metų mokinių skaičius nuolat didėjo. 1980-1981 mokslo metais mokykloje mokėsi net 512 mokinių. Vėliau mokinių skaičius ėmė mažėti. 1356 abiturientų gavo mūsų mokyklos baigimo brandos atestatus. Dauguma jų tapo dorais Lietuvos piliečiais. Mes didžiuojamės tais buvusiais mokiniais, kurie savo darbu pasiekė didelių laimėjimų mokslo, švietimo, kultūros, sporto srityse. Tai M. Šikšnys, Č. Meškauskas, J. Stankus, A. Miknius, P. Miknius, P. Domeika, R. Dambrauskaitė, V. Mazūras, Č. Mazūras, V. Gedminas, R. Gedminas, R. Bitė, J. Pauraitė ir daugelis kitų. Ne vienas mūsų mokyklos auklėtinis ir dabar užima aukštus postus valstybės valdymo struktūrose, savivaldybių administracijose, kitose įstaigose ar organizacijose. 

        1990 m. mokyklai suteiktas Marcelino Šikšnio vardas. 2004 metais prie mokyklos prijungti Acokavų ir Žeimių skyriai, kuriuose mokoma pagal pradinio ugdymo programą. 2008 m. labai sumažėjo mokinių skaičius Acokavų skyriuje ir jis buvo uždarytas. 2011 m. tas pats atsitiko ir Žeimių skyriui. 

        2014 m. gruodžio 30 d. mokykla tapo gimnazija. 2016 m. rugsėjo 1 d. buvo įsteigti Šaukoto ikimokyklinio, pradinio ir pagrindinio ugdymo ir Tyrulių ikimokyklinio ir pradinio ugdymo skyriai.

        Plačiau apie mokyklos istoriją galima paskaityti knygoje „Šiaulėnai“. Vilnius, 2004.

Dabartinis medinis mokyklos pastatas 1962 m. Šis pastatas baigtas įrengti 1936 metais.

Mokytojai po paskutinio skambučio šventės 1984 m.

Mokyklos pedagogai 1995 m. po paskutinio skambučio.